A história de Tocaia do Norte é baseada em fatos reais que aconteceram nos meses de outubro e novembro de 1968 no Amazonas e que tratam do massacre da expedição do Padre Giovanni Calleri, que deu início ao genocídio de quase 3000 índios Waimiris-Atroaris na década seguinte. Em Tocaia do Norte, o padre Chiarelli foi escolhido pela Funai em 1968 para afastar os índios da área que os militares escolheram para construir a rodovia BR- 174, ligando Manaus a Boa Vista. Nessa missão de pacificação, o padre leva consigo o seminarista João de Deus, dado à igreja como paga de promessa por seus pais. Durante a expedição, desenreda-se uma trama de interesses políticos e econômicos, em que fica evidente o interesse da elite governante, dos militares do DER e da Funai regional. João de Deus escapa do atentado, assim como Paulo Dias, o mateiro encarregado de guiar a expedição (arregimentado pelos militares para guiar a expedição para a armadilha fatal). Ao final da frustrada empreitada, Paulo Dias e João de Deus travam um embate de forças em que não há ganhadores.